سیدعلی آقا با هوش بالا و سختکوشی بسیار مبادی علوم دینی و ادبی را در زادگاهش آموخت. اهل اتلالف وقت و تأخیر در کارها نبود. شاگردی پدر راکرده و آموخته بود که فرصت زندگی کوتاه تر از این حرف هاست که به بطالت و لغو گویی بگذرد. با همین آموزش و استعداد ذاتی بود که گوی سبقت را ازدیگر همکلاسی هایش ربود و دروس مکتبخانه را به سرعت طی کرد.

همزمان با مکتبخانه شاگردی پدر را هم می کرد. تمرکز حاج حسین، آشنایی و آموزش فرزندانش با تکالیف الهی بود. همۀ این ها در کنار هم موجب شد سیدعلی آقاخیلی زود از همکلاسی هایش چند قدم جلوتر بیفتد. او فرصت بی نظیر پسرکسی چون حاج حسین آقا را قدر می دانست و گوش به فرمان پدر و استادی بود که در تقوا و علم کم مانند بود.